税務調査の流れ

税務調査とは、納税者によって計算され申告された課税標準や税額などが、適法に算出されたものか否かにつき、管轄税務署の調査官が調査・確認するものです。
具体的には、納税者（または法人の責任者）やその課税標準や税額などを計算した担当者などから聞き取りを行ない、また、帳簿や請求書・領収書等の証憑類を精査することなどにより行なわれます。

一般に税務調査は秋に行なわれることが多いと言われます。これは、税務署では6月から7月にかけて人事異動が行なわれ、その後に調査対象の選定などの事前準備が行なわれるため、実際に税務調査が開始されるのは9月以降となるからです（あくまで一般論です）。

法人税に係る税務調査は通常、次のような流れで実施されます。

1. 事前調査および意見聴取

まず、国税局または税務署内で業績の推移や同業他社との比較等を行なうことにより調査対象を選定し、調査対象となった法人の分析を事前に行ないます。

2. 事前通知

調査対象となった法人には、通常1～3週間前に担当する調査官より事前に連絡があります。この中で実地調査の日程調整、事前に準備しておいてほしい資料の依頼などがあります。

3. 実地調査

実地調査には大きく一般調査と反面調査があります。一般調査とは、帳簿書類等の検証や事業所等への立ち入り調査のことを言います。
帳簿書類等とは一般に帳簿および領収証、請求書、契約書などの証憑類を指しますが、実地調査の対象はこれらにとどまらず、法人の現金や預金通帳、受取手形、有価証券、棚卸資産などの現物も対象となります。

多くのケースでこの一般調査にほとんどの時間が割かれ、最初の段階で担当者から業務フロー等を聞き取り、その後帳簿書類等をチェックする、という流れで行なわれます。

一方、反面調査とは、調査対象法人の取引先を調査するもので、主に銀行や得意先、仕入先等に対する聞き取り等の調査が行なわれます。この反面調査は税務署側の必要に応じて実施されるものであり、常に行なわれるものではありません。

調査の対象となる期間は事前に通知されますが、3年間（3期分）とするケースが多いです。

4. 指摘事項の説明

調査も終盤になりますと、調査官より法人に対して、指摘事項の内容についての説明があります。ここで今回の調査で問題となった事項が整理されます。このうち、納税者として納得できない事項に対しては反論し、必要に応じて主張を裏付ける資料を提出します。

指摘事項が少なく、調査の現場で両者がすべて納得すれば、その場で調査は終了となりますが、そうでなければ、調査官の方から追加で依頼したい資料等が示され、持ち帰って引き続き検討となります。

5.修正申告又は更正

調査官の指摘内容について法人が最終的に納得する場合は、当該事項を自主的に修正申告することで終了となることが多いです。ここで修正申告とは、法人が当初の申告内容の誤りを認めて、自主的に修正して申告し追加納税を行なうことを言います。

一方、法人が指摘事項につき最終的に納得しなかった場合、税務署が調査結果に基づき申告所得額や追徴納税額などを一方的に決定してきます。これを更正と言い、書面で通知されます。

更正の内容につき納得がいかない場合は、税務署長に対して異議申立てを行なうか、国税不服審判所に審査請求を行なうこととなります。これを経ても納得がいかない場合は、裁判所に訴訟を提起することになります。

 

税務調査が実施される頻度は法人の規模や業績、前回の調査結果などにより異なりますが、源泉所得税の調査を含め、何年かに一度は必ず実施されるものと想定しておくべきでしょう。
とは言っても、必要以上に恐れるものではありませんので、調査官に誤解を与えることのないよう、事前に適切な準備を行なっておくことが重要となります。

また、一度調査が実施され、何らかの指摘を受けた場合は、将来の調査において同様の指摘を受けることのないよう、業務改善を行なう必要があるでしょう。